В ходе судебного заседания гособвинитель заявил, что уголовное дело против Нестренко связано с тремя эпизодами капитального ремонта школ Херсонской области: заключены договоры на ремонт четырех объектов, подрядчиком выступило АО "Региональная строительная компания", сроки выполнения работ были нарушены, работы выполнены ненадлежащим качеством, а стоимость работ фиктивно завышена. Нестеренко обвиняется в том, что он подписывал акты приемки выполненных работ, руководствуясь корыстными интересами, и средства на их выполнение были переданы подрядчику.
Нестеренко был задержан сотрудниками ФСБ по Краснодарскому краю в 2025 году, против него возбудили уголовное дело. По предварительным данным, противоправные действия Нестеренко связаны с его деятельностью в период с 2023 по 2024 год на предыдущем месте работы в ГКУ «Главное управление строительства Краснодарского края».
Накануне ареста, 21 мая 2025 года, администрация Краснодарского края провела совещание по вопросам строительства социальных объектов, на котором выяснилось, что строительство более половины из 149 объектов существенно отстает от графика. Губернатор края Вениамин Кондратьев тогда предложил Нестеренко, курировавшем строительный сектор Кубани, уйти в отставку из-за стагнации в этом секторе экономики региона и задержки строительства социальных объектов. Нестеренко был утвержден на должность вице-губернатора Краснодарского края в июле 2024 года.